仗打完了，接下来的一个问题就是投降的流贼和家眷要如何处置？
这是令大明朝头疼不已的一个问题，也是流贼屡剿不灭的根节所在，不处理好这个问题，今天投降的这七百流贼难保不会再叛。
在京师时，除了研究各地督抚对流贼的处置方法，找寻其中的利弊，朱慈烺还不止一次和吴甡、张家玉、参谋司的几个参谋、还有军中的将领们秘密讨论过对流贼的处置办法。
而大家分成截然不同的两派，一派以刘肇基、贺珍等武将为主，认为所有流贼都应该就地处死，斩草除根，免得他们再起。理由很充分：流贼都是降而复叛，反复无常之辈，一旦纵放，必然后患无穷。张献忠等人就是最好的例子。
何况流贼属于谋反，依大明律，直接参与谋反者都应该处死。
而以吴甡和张家玉为代表的文人则是另一种看法，他们认为大部分流贼都是被生活所迫的农民，除了一部分作恶的贼首，必须斩首之外，其他人都应该给他们一个改过自新的机会。
听取两方的意见，结合前世里的一些经验，朱慈烺最后定出了一个初步方案。
那就是设立一个专门处置流贼的“简易法庭”。
首先将投降的流贼进行分类，先从中挑出一些罪大恶极，被百姓们怨恨极深的匪徒，在百姓面前公开处决。怎么挑呢？方法也简单，将所有流贼都拉到百姓面前，供百姓们指认，凡是犯有血案，或者罪行深重的，即可定为死罪。
就比如现在，凡在在刘店镇犯过血案，皆可由李店镇百姓指认。
这一来肯定会有漏网的，有流贼没有在刘店镇犯罪，或者他残害的人已经死去，没有人可以指认他。
但没有办法，在没有证据的情况下，不可能将所有投降的流贼都杀了，那一来，就没有人会投降了。现阶段，只能用这种权宜之计。
接着便是宣判，按参加流贼的时间和职位的大小，分别判处两到八年的劳改。什么是劳改？字如其意，就是劳动改造。参加时间越长、在流贼里的职位越高，需要劳改的时间就越长。
至于劳改的地点，朱慈烺也暂定了几处，一个是黄崖关等地长城的修筑，二是京师的小煤窑，三是平定了河南之后，各地城池的修建，总之，所有流贼都必须为他们曾经的行为付出代价。
表现好的流贼，刑满之后不但会被释放，并且会发一块地给他们，令他们重新回归良民的身份。