为了使抗法军用物资顺利运抵越南战场，张之洞在广东和广西成立东西两个转运局。而李秉衡负责主持的，正是设在边陲重镇龙州县的广西转运局。
为更好地衔接两局的军需运输工作，李秉衡在南宁设立一个西转运分局，实际上是一个中转机构。路径是从广东采购的军火，通过水路运至南宁；从湖南筹集的饷糈，通过陆路运抵南宁。武器、粮饷运到南宁后，再启运龙州。从南宁运往龙州的军需品分为两大类：军粮通过水路运输，炮械则通过陆路运输。而其中水路因为运费低廉，所以占了更重要的地位。
西转运局共有100多艘运输船，大的可装载11~12吨物资。这些船只被编成若干船队，每次发船共数十艘。从南宁到龙州需逆水行舟，航程需13天左右。为保证运输安全，船上水勇按棚、哨编排，月饷较一般兵勇稍多。
军需物资运到西转运局所在地龙州后，还需通过两个粮台，方能运到前线官兵手中。这两个粮台，一是距龙州城45里的鸭水滩，另一个位于鸭水滩往凭祥方向15里处。这样一个运输流程，没有严密的指挥、协调系统是难以灵活调度的。
军粮是当时西转运局的大宗运输业务，是维持前线官兵生命的必需品，关乎战局，自不待言。李秉衡身负此重任，没有丝毫放松。在军粮转运方面，他按时稽查各种收支账目，严格杜绝漏洞。在军粮保管方面，他定期检查仓库，经常翻晒以防霉烂。
军官吃空饷，是晚清公开的秘密。粮饷运抵边关后如何公平分发，是后勤管理的重要环节。当时开到边关的部队，李秉衡不论亲疏远近，一律照章发放，坚持顶住各种浮报冒领行为。而对立功将士的奖赏，则毫不吝惜，大大方方，令人满意。
除了军需物资运输之外，李秉衡还在龙州开设了医药局，算是一家战地医院。战争期间救治了大批伤员。而李秉衡还制定了不按军阶高低，一律平等就医的制度。凡来医院就医者，均以伤病轻重用药！这一点，王一看到后也十分感叹，咱后世的医院根本做不到。
等到了1885年潘鼎新战败，谅山丢失，他老小子一路逃跑。溃兵四散成为漂浮不定的游勇，沿途抢掠，打家劫舍，顿成公害。
这烂摊子还得李秉衡这位后勤事务官来收拾。首先，他命令沿途各州县拦住溃兵，将漫山遍野的残兵败将聚拢在一起，防止他们出没害人。接着，他给溃兵发放口粮，治疗其中的伤病员，稳定他们的情绪。继之，他与帮办军务的冯子材一起，整编这些溃兵，加以训练，使之重新成为抗法生力军。
李秉衡有四才，整军，核饷，合将，安民。正因为他的卓越工作，才被前来督军的兵部尚书彭玉麟和两广总督张之洞联名奏请清廷，用李秉衡代替了跑没影了的潘鼎新，成了新一任的广西巡抚。
因为李秉衡有自知之明，知道自己不是领军打仗的材料，于是召集众将开会。
“诸君在此，有些话我不得不说！”
“请大人示下！”在场的有冯子材，苏元春等等，湘军，淮军，桂军该来的都来了。
“过去，大家老闹意见，各守地域。虽然同军，却难以相互配合，甚至还相互倾轧！如今局面已经崩坏至此，法国人毁了镇南关！我们上对不起万岁太后，下对不起黎民百姓的殷殷期盼。如今大敌当前，大家应以国事为重，法军不灭，国不安宁，家也不安宁，大家要同心努力，保家卫国。”
“大人所言甚是！”